Science blogging

Nu har en stor del af mit blog-publikum jo været til mit PhD forsvar, men for dem der enten ikke var til stede eller dem der måske ikke lige fik alle detaljerne med kommer her en science-blog. Det kan så også være en lille øvelse i at formidle sin forskning, hvilket vil sige en del af mit arbejde og kan derfor forklare hvorfor jeg sidder og skriver det i arbejdstiden!

Jeg har snydt lidt og kopieret en del af det jeg skrev til min Lundbeckfond ansøgning (det er markeret med "-tegn)! Det var meningen jeg skulle skrive en populær udgave af min projektbeskrivelse. Jeg vil kommentere og vise fine billeder imens jeg gennemgår teksten!! Er der overhovedet nogen læsere tilbage??

"G-protein koblede receptorer (GPCR) er en type molekyler, der fungerer som vigtige kemiske sensorer i dyre-celler og modtager signaler fra fx hormoner, nerve-transmittere og duftstoffer. De er involveret i en lang række sygdomme fra kræft til fedme og HIV og er derfor også på nuværende tidspunkt den type molekyler, de fleste lægemidler udfører deres effekt gennem."

En pige der er syg

En G-protein koblet receptor (også kaldet en 7TM receptor, ja præcis som i firmaet 7TM Pharma!)

"Den beta-2 adrenerge receptor (beta-2AR) er en del af GPCR familien og er en af de mest velkarakteriserede receptorer i familien. Beta-2AR er bl.a. vigtig for regulering af blodtryk. Stoffer, der hæmmer denne receptor, kaldes beta blokkere og bruges ofte i behandling af forhøjet blodtryk."

Her kommer lige et par billeder til at fange interessen, kort fortalt det handler om forhøjet blodtryk (hvem kender ikke til det) og medicinen det hjælper på forhøjet-blodtryk:

Så er baggrunden for projektet fortalt og her kommer så en fortælling om hvad det er jeg vil lave af forsøg:

"Projektet søger at kortlægge, hvorledes den tredimensionelle struktur af beta-2AR molekylet ændrer sig, når det aktiveres. Denne viden kunne hjælpe til at designe bedre og mere specifikke lægemidler i fremtiden."

Ja ja det siger de allesammen...

"De første tredimensionelle strukturer af beta-2AR i dens inaktive form blev publiceret af professor Kobilkas laboratorium for 2 år siden."

Ja det er så på hans laboratorie jeg befinder mig!

"For at studere aktiveringsprocessen og dynamikken af beta-2AR vil vi anvende en særlig metode (kaldet NMR), som giver direkte information om den tredimensionelle struktur, og hvorledes den ændrer sig, når man tilsætter forskellige aktiverende eller inaktiverende stoffer til receptoren."

Et styks NMR apparat (900 MHz)!

Til den meget interesserede læser der undrer sig over hvorfor jeg har været så meget i Berkeley på det sidste er forklaringen at NMR apparatet (800 MHz) i Stanford ikke virker for tiden og jeg derfor er nødt til at køre helt til Berkeley og bruges deres 900 Mhz maskine. Og så er det jo faktisk også en bedre maskine de har deroppe.

"Ved at mærke forskellige dele af receptoren med NMR-aktive markører, kan vi i et enkelt eksperiment undersøge, hvordan forskellige dele af receptorerne ændrer sig på samme tid."

Så er det den vakse læser tænker, jamen sig mig hvordan har I tænkt jer at gøre det? Det skal jeg fortælle jer! Vi har nogle insektceller som vi sørger for udtrykker vores receptor. Ved at fodre cellerne med et specielt medie der indeholder en aminosyre der har en NMR-aktiv markør sørger vi for at de receptorer insektcellerne udtrykker er mærkede med NMR-aktive markører. Så skal vi bare have adskilt de receptorer vi er interesserede i fra resten af hvad der er i sådan en celle (DNA, fedt, andre proteiner, enzymer, RNA osv. osv.). Det gør vi i flere forskellige trin, hvor et er dem er at vi har en søjle lavet af et specielt materiale der binder receptoren.

En søjle med receptor bundet. Vi har været så smarte at sørge for at receptoren er pink, så vi hele tiden kan se hvor den er.

Når vi så har vasket vores receptor fra alle de andre ting i cellerne tilsætter vi en væske der får receptorerne til at forlade søjlen igen.

Vi starter ud med omkring 20 liter cellekultur og skal gerne ende op med en 300 uL NMR-prøve (det vil sige ca. en tredjedel af en milliliter).

NMR-prøve klar til en tur til Berkeley!

"Viden om, hvad der foregår af tredimensionelle ændringer af strukturen under aktivering kan hjælpe til en bedre forståelse af hvordan lægemidler binder til receptorer og hvilke dele af receptorerne, der ændrer sig når forskellige lægemidler binder."

Indtil videre går det meget fint med projektet, vi har testet forskellige prøver, og prøver nu at finde ud af hvad alle vores data betyder! Forhåbentligt betyder det noget spændende, så jeg i nærmeste fremtid kan skrive et lille blog-indlæg om hvordan man aktiverer sådan en receptor.